Genauso wie Radiatorenheizkörper können Fußbodenheizungen problemlos in Junkers Heizsysteme eingebunden werden. Für Fußbodenheizungen sind die niedrigen Vorlauftemperaturen, wie sie für Gas-Brennwert- bzw. Gas-Heizwertgeräte von Junkers typisch sind, ideal. Sinnvoll ist eine eigene Regelung. Damit sind Thermostatventile bereits vorgeschrieben. Darüber hinaus könnte eine Regelung mittels eines eigenen Heizkreises vorteilhaft sein. Erstens weil Fußbodenheizungen oft in separaten Räumen eingesetzt werden. Zweitens weil Fußbodenheizungen sich im Vergleich mit Radiatoren relativ träge verhalten. Sie werden langsamer warm und kühlen langsamer ab. Um dieses Zeitverhalten zu kompensieren, sind eigene Schaltzeiten nützlich.